几天之后，刘基自知来日无多，找来两个儿子交代后事最后于农历四月十六卒于故里，享年六十五岁六月，葬于乡中夏中之原2李善长 洪武二十三年1390年，李善长已经七十七岁，因为年老约束不了部下曾想建造府宅，从。
因为刘伯温功高盖主，所以朱元璋在登上帝位后，借胡惟庸的手杀死了刘伯温朱元璋即位后，杀死了很多有功之臣，比如胡惟庸李善长蓝玉张温等等有人推测，朱元璋杀死功臣的原因有三个一是为子孙后代铲除后顾之忧。
朱元璋自称吴王后，在应天府置百官大封功臣，已经基本上是架空了小明王韩林儿，小明王在安徽屡受张士诚的攻击，处境艰难，安丰被围，朱元璋率军救出小明王，准备将他安置在应天府，刘基却反对说“彼牧竖耳，奉之何为”。